Главными политическими вехами после августа 1991 стали принятие новой конституции в июне 1992 и выборы парламента и президента в сентябре и октябре 1992. Коалиционное правительство во главе с премьер-министром Мартом Лааром пришло к власти в конце октября. Введение новой денежной единицы - кроны - в июне 1992 остановило инфляцию и позволило стабилизировать экономику. Благодаря сбалансированному бюджету и прекращению контроля за ценами Эстония за несколько последующих лет добилась значительных экономических успехов. Партии, поддержавшие правительство Лаара, потерпели неудачу на парламентских выборах в марте 1995. Победила новая коалиция, возглавляемая Тийтом Вяхи. Она получила в парламенте 57 из 101 места и состояла из коалиционной партии "Крестьянский Союз" и Центристской партии Эстонии. Коалиция продолжила политику либерализации экономики и интеграции с Европой и Западом. Однако правительство Вяхи продержалось только два года и было заменено правительством меньшинства Марта Сиймана. Политическая конфронтация стала усиливаться по мере приближения выборов 1999.
В сфере внешнеполитических отношений Эстония достигла соглашения с Россией о выводе войск в конце августа 1994. Взамен эстонское правительство приняло к исполнению принцип "социальных гарантий" для приблизительно 10 тыс. бывших советских офицеров-пенсионеров, проживающих в стране. Временами этнические отношения накаляются, особенно в связи с проблемой гражданства для неэстонцев, которые прибыли в страну при советской власти, но стороны воздерживаются от насильственных действий.
